“種業(yè)振興，良種先行”。優(yōu)良的豬種是現代化和高效養豬生產(chǎn)的前提和核心。湖南擁有豐富的地方豬遺傳資源，主要有寧鄉豬、沙子嶺豬、大圍子豬、湘西黑豬、黔邵花豬等多個(gè)品種，因適應性強、耐粗飼和肉質(zhì)風(fēng)味獨特深受廣大養殖戶(hù)和消費者喜愛(ài)。地方豬品種的種質(zhì)資源保護和良種選育工作較為落后，導致地方豬繁殖、肉質(zhì)、抗逆性等優(yōu)良性狀退化，且地方豬生長(cháng)速度慢，嚴重影響經(jīng)濟效益。利用高效的現代分子育種技術(shù)和工具，多維度、多層次開(kāi)發(fā)和利用地方豬優(yōu)異種質(zhì)資源是振興湖南生豬產(chǎn)業(yè)的重要舉措。 

　　由中國科學(xué)院亞熱帶農業(yè)生態(tài)研究所印遇龍院士團隊牽頭，聯(lián)合湖南農業(yè)大學(xué)與華智生物技術(shù)有限公司科研團隊，利用cGPS（Genotyping by Pinpoint Sequencing of captured targets）靶向測序技術(shù)合作開(kāi)發(fā)了首款適用于湘豬等地方豬的64K cGPS育種液相芯片。其應用將有效提高地方豬重要性狀遺傳基礎解析和優(yōu)異基因資源挖掘的準確性，提升生豬核心種源自主選育的效率，引領(lǐng)現代特色優(yōu)質(zhì)生豬種業(yè)發(fā)展，對推動(dòng)生豬產(chǎn)業(yè)高質(zhì)量發(fā)展具有重要戰略意義。 

　　【產(chǎn)品特色】 

　　1、位點(diǎn)多態(tài)性好、基因組分布均勻 

　　選擇多樣性豐富的湖南地方豬種（寧鄉豬、沙子嶺豬、黔邵花豬、大圍子豬等）和廣東地方豬種（藍塘豬，粵東黑豬等），基于其全基因組重測序數據，篩選到湖南、廣東地方豬種中高多態(tài)位點(diǎn)64 K，均勻覆蓋全基因組（圖1）。利用該芯片在豬早期進(jìn)行分子標記輔助育種選擇，提高生豬育種效率。 

　　2、品種特異性位點(diǎn)及功能位點(diǎn)豐富 

　　芯片包含寧鄉豬和廣東豬等品種特異性位點(diǎn)，包含背膘厚、肉質(zhì)等功能分子標記位點(diǎn)256個(gè)，可進(jìn)行背膘厚、肉質(zhì)等重要性狀基因的挖掘利用。 

　　圖1 湘豬64K cGPS液相育種芯片SNP標記在染色體上的分布 

　　3、產(chǎn)品技術(shù)參數優(yōu)良 

　　經(jīng)樣本測試，該產(chǎn)品位點(diǎn)檢出率高，平均檢出率為99.23% （圖2）。產(chǎn)品穩定性好，重復樣本基因型平均一致率為99.31 %，整體性能優(yōu)良（圖3）。 

　　圖2 湘豬64K cGPS育種液相芯片樣本基因型檢出率 

　　圖3 湘豬64K cGPS育種液相芯片重復樣本基因型一致率 

　　【產(chǎn)品應用】 

　　1. 遺傳多樣性評估、種質(zhì)資源和親緣關(guān)系鑒定（圖4） 

　　2. 基因圖譜構建及基因定位、全基因組關(guān)聯(lián)分析 

　　3. 分子設計育種（分子標記輔助選擇、全基因組選擇等） 

　　4. 重要性狀的篩選培育和功能分析 

　　圖4 不同地方豬樣本聚類(lèi)分析圖 

　　【研發(fā)團隊】 

　　1、中國科學(xué)院亞熱帶農業(yè)生態(tài)研究所印遇龍團隊 

　　印遇龍，一級研究員，博士生和博士后導師，中國工程院院士。曾在德國國家農科院動(dòng)物營(yíng)養所、英國女皇大學(xué)、加拿大Guelph大學(xué)學(xué)習和工作，獲英國女皇大學(xué)哲學(xué)博士學(xué)位。現任畜禽養殖污染控制與資源化技術(shù)國家工程實(shí)驗室主任，先后獲全國五一勞動(dòng)獎?wù)隆?yōu)秀共產(chǎn)黨員、全國創(chuàng )新?tīng)幭泉労秃鲜】茖W(xué)技術(shù)杰出貢獻獎等殊榮。長(cháng)期從事畜禽健康養殖與遺傳改良的研究工作，先后主持完成科研項目30多項，帶領(lǐng)團隊發(fā)表SCI收錄論文300多篇，被引用9000多次，H指數高達62（根據國內全球學(xué)者網(wǎng)站2021年10月報道，印遇龍為全球頂尖前1萬(wàn)名科學(xué)家），從2011年至今連續入選湯森路透全球高被引科學(xué)家(2014年和2015年全球中國引文桂冠獎)；主編中英文專(zhuān)著(zhù)12部，獲發(fā)明專(zhuān)利42項；以第一完成人獲國家科技進(jìn)步獎三項和國家自然科學(xué)獎一項，獲World Animal Nutrition獎和第14屆世界豬消化生理大會(huì )杰出豬消化生理科學(xué)家獎。 

　　2、華智生物技術(shù)有限公司 

　　華智生物是在農業(yè)農村部倡導下，國家發(fā)改委、科技部、湖南省等相關(guān)部省委支持下由中信農業(yè)、隆平高科等十余家龍頭種企和專(zhuān)業(yè)機構共同組建的、我國領(lǐng)先的第三方生物種業(yè)關(guān)鍵共性技術(shù)平臺和國家級分子育種創(chuàng )新服務(wù)平臺，入選國家農作物、畜禽、水產(chǎn)三大類(lèi)種業(yè)陣型專(zhuān)業(yè)化平臺企業(yè)和首批20家種業(yè)打假維權種子檢測機構推薦名單。 

　　華智生物融合生物技術(shù)（BT）與數據技術(shù)（DT），為客戶(hù)提供基因型鑒定、種質(zhì)資源鑒定評價(jià)、優(yōu)異性狀基因創(chuàng )制挖掘鑒定、生物信息分析、種質(zhì)創(chuàng )新創(chuàng )制、分子和智能育種、生物智能大數據管理和應用、品種測試評價(jià)、種子質(zhì)量/土壤環(huán)境/農產(chǎn)品安全檢驗檢測、生物技術(shù)法規服務(wù)等全鏈條和一站式綜合解決方案。