在分子系統(tǒng)發(fā)育研究中，基于核基因和細(xì)胞質(zhì)基因（葉綠體或線粒體）構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹常常產(chǎn)生不同的枝形拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，該現(xiàn)象被稱為核質(zhì)沖突（cytonuclear discordance）（圖）。產(chǎn)生核質(zhì)沖突的機(jī)制不一而同，但最常見的是基因漸滲（introgression）和不完全譜系分選（incomplete lineage sorting）。前者的原理是雜交后代物種和親本物種之一進(jìn)行不斷回交，以達(dá)到其核基因幾乎等同于該親本的程度；后者是由于祖先等位基因的變異在后代中隨機(jī)分配，造成采用該基因建樹會和真實(shí)的物種樹不一致的情況(圖)。
中國科學(xué)院華南植物園植物科學(xué)中心段磊副研究員、陳紅鋒研究員和付琳副研究員對核質(zhì)沖突的類型、產(chǎn)生原因、分辨手段、后續(xù)分析以及在動植物進(jìn)化歷史研究中的應(yīng)用進(jìn)行了總結(jié)和剖析。其研究成果作為綜述于近期發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊Science China-Life Sciences（《中國科學(xué)-生命科學(xué)》）上。文章鏈接：http://engine.scichina.com/doi/10.1007/s11427-023-2456-6
圖. 基因漸滲和不完全譜系分選示意圖。(A) 基因樹拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)沖突；(B-I) 基因樹與物種數(shù)一致的情況；(B-II) 基因漸滲：從C至B的基因流；
(B-III) 不完全譜系分選：不同的祖先等位基因分別分配至B和C。灰色的枝表示物種樹；實(shí)線表示基因樹：黑色實(shí)線示祖先基因，藍(lán)星示突變發(fā)生，紅色實(shí)線示突變后基因。
(C) 細(xì)胞質(zhì)基因捕獲現(xiàn)象。nuc：核基因；cyto：細(xì)胞質(zhì)基因(葉綠體或線粒體)。
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